Чистая линия — генетически однородное потомство, получаемое исходно от одной самоопыляющейся или самооплодотворяющейся особи с помощью отбора и дальнейшего самоопыления.
Термин введен в 1903 году В.Иогансеном. Поскольку самоопыление — это процесс соединения одинаковых генотипов, поэтому чистая линия представляет собой группу организмов гомозиготных по большинству генов. У организмов непрерывно осуществляется мутационный процесс. Большинство мутаций рецессивны и в значительной своей части вызывают неблагоприятные наследственные изменения. У перекрестноопыляемых растений эти рецессивные мутации внешне не проявляются, так как находятся в гетерозиготном состоянии. При самоопылении они переходят в гомозиготное состояние и оказывают свое действие. Чаще всего неблагоприятные мутации в чистой линии устраняются естественным отбором. В природе у растений не бывает чистых линий, они не жизнеспособны. Но в селекции растений очень часто используют гомозиготные линии для соединения с разными самоопыляющимися линиями, получают гетерозиготные формы — более жизнеспособные.