Пепсин — фермент желудочного сока позвоночных. Вырабатывается клетками слизистой желудка. Желудочный сок человека — бесцветная жидкость кислой реакции (pH=0,8), с большим содержанием соляной кислоты и незначительным количеством слизи. В желудочном соке имеются два белковых фермента — пепсин и химозин. Пепсин вырабатывается желудочными железами в неактивной форме и активизируется соляной кислотой. Пепсин расщепляет белки до альбумоз (простых аминокислот). Пепсин легко расщепляет белки мяса и яиц, очень медленно — белки хрящей и сухожилий.
Открыт в 1836 году Т.Шванном; в 1930 году получен Дж.Нортропом в кристаллическом виде. Молекула пепсина — полипептидная цепь (327 аминокислотных остатков), содержит 3 дисульфидных связи и остаток фосфорной кислоты. Наиболее легко расщепляет пептидные связи, образованные остатками ароматических и дикарбоновых аминокислот.
Пепсин применяется в медицине для лечения желудочных заболеваний.